Foi un mariño exemplar, astrónomo, hidrógrafo e matemático, o que lle permitiu demostrar que a Terra era unha esfera achatada polos polos. Este concepto tivo que explicalo intelixentemente para que a Inquisición admitíseo.

Realizou funcións de espía en América por encargo da Coroa, para descubrir o tratamento que se daba aos indíxenas tanto polos gobernantes locais como pola Inquisición. Viaxou a Inglaterra para instruírse sobre as técnicas que alí se utilizaban na construción de navíos, encargándose ademais de contratar persoal para traballar nos  estaleiros españois.

En Ferrol Jorge Juan deseñou o Arsenal, aberto por unha banda para a entrada e saída dos navíos, dividíndoo en dous partes: unha dedicada á construción de barcos e outra para fins militares, é dicir, para gardar armamento. Dentro das instalacións do Arsenal destaca a monumental Sala de Armas, moi coñecida por ser durante moitos anos o Cuartel de Instrución de Mariñeiría.